Le colonel O'Neill fit parti de la première mission vers Abydos. Il fût par la suite affecté au commandement de l'équipe phare du SGC, Sg-1 à la suite d'une attaque contre la terre. Avant de travailler au SGC, le colonel O'Neill faisait parti des Spécial-Ops de l'Air Force. Il effectua plusieurs missions périlleuses à travers le monde. O'Neill à participer en 1982 à une mission en Allemagne de l'Est pour récupérer un agent Russe. Lorsque son avion fût abattu pendant la première guerre du Golf, O'Neill fut alors prisonnier des Irakiens pendant quatre ans avant d'être libéré. Lorsque son fils se tua avec son arme, il quitta l'Air Force et adopta un comportement dépressif et suicidaire. Il fut cependant rappelé au service pour diriger la première mission à travers la Porte des Étoiles. Cette mission lui permit d'oublier la mort de son fils et de reprendre goût à la vie. Lorsqu'il revint de cette mission, il découvrit que sa femme l'avait quitté. Quelques années plus tard, l'Air Force le contacta pour lui demander de prendre les commandes d'une équipe nommée Sg-1, équipe dans la mission est d'explorer la galaxie. Depuis ce temps, O'Neill dirige Sg-1 et explore la galaxie régulièrement tout en sauvant de temps en temps, la Terre d'une attaque des Goa'ulds. Le Colonel O'Neill fut promu au rang de Général après avoir sauvé la Terre d'une attaque du Seigneur Goa'uld Anubis. Il était en charge du SGC pendant un an, avec de grandes difficultés à contrôler le SGC. O'neill quitte le SGC (Saison 9) Mais reviendra dans certains épisodes de la saison 10 dont l'épisode « chassé croisé » (mélange de la série Sg1/atlantis).[/font]
